مهندسی فرآیند بر طراحی ، بهره برداری ، کنترل ، بهینه سازی و تشدید فرآیندهای شیمیایی ، فیزیکی و بیولوژیکی متمرکز است. مهندسی فرآیند صنایع گسترده ای از جمله صنایع شیمیایی ، پتروشیمی ، کشاورزی ، فرآوری مواد معدنی ، مواد پیشرفته ، مواد غذایی ، دارویی ، توسعه نرم افزار ، خودرو و صنایع بیوتکنولوژی را در بر می گیرد. کاربرد روشهای مبتنی بر رایانه سیستماتیک در مهندسی فرآیند "مهندسی سیستمهای فرایند" است.