As ilhas de São Tomé e Príncipe estiveram desabitadas até 1470, quando os navegadores portugueses João de Santarém e Pêro Escobar as descobriram.
Os portugueses colonizaram-na com cristãos-novos que tinham sido expulsos pela Inquisição.
A cana-de-açúcar foi introduzida nas ilhas no século XV, mas a concorrência brasileira e as constantes rebeliões locais levaram a cultura agrícola ao declínio no século XVII. Assim sendo, a decadência açucareira tornou as ilhas entrepostos de escravos para o Caribe e para o Brasil.
No contexto da Dinastia Filipina, o capitão António Monteiro Maciel jurou fidelidade ao novo monarca em 10 de junho de 1581.
Entre as principais dificuldades por que passaram as ilhas no final do século XVI destacam-se as revoltas de africanos entre 1590 e 1595, das quais a mais importante foi a Revolta dos Angolares.