As origens da Guiné-Bissau não são conhecidas devido, em grande parte, à falta de pesquisa arqueológica. Os primeiros habitantes da região foram os Felupes ou Diolas, Manjacos, Mancanhas, Balantas, Papéis e Nalu. Um dos primeiros influenciadores da Guiné foi o Império do Mali, fundado no século XIII, que se desenvolveu desde o interior até à costa da África Ocidental. Um dos seus reinos, Gabu, expandiu-se até alcançar o estatuto de império, e veio a influenciar politicamente as regiões que faziam fronteira com o Senegal, Gâmbia e Guiné-Conakry.[1]
Devido à sua situação geográfica costeira, ao tráfico de escravos e às influências da presença portuguesa desde meados do século XV, a Guiné-Bissau também estabeleceu contactos com Cabo Verde. Os portugueses chegaram à região em 1446, e estabeleceram-se na zona que designaram por Rios da Guiné do Cabo Verde.[1]