تاریخ اندونزی به واسطه موقعیت جغرافیایی، منابع طبیعی آن، مجموعه ای از مهاجرتها و تماسهای انسانی، جنگها و فتحها و همچنین تجارت، اقتصاد و سیاست شکل گرفتهاست. اندونزی کشوری مجمعالجزایر است که از ۱۷۰۰۰ تا ۱۸۰۰۰ جزیره (۸٫۸۴۴ نامگذاری شده و ۹۲۲ سکونت دائمی) در امتداد استوا در جنوب شرق آسیا امتداد دارد. موقعیت استراتژیک دریایی این کشور باعث تقویت تجارت بین جزیره ای و بینالمللی آن شد. تجارت از آن زمان به بعد اساساً تاریخ اندونزی را شکل دادهاست. منطقه اندونزی توسط مهاجران مختلف شکل گرفتهاست و باعث ایجاد تنوع فرهنگ، قومیت و زبان گردیدهاست. اراضی و شرایط آب و هوایی مجمع الجزایر بهطور قابل توجهی بر کشاورزی و تجارت و تشکیل دولت تأثیر گذاشت. مرزهای ایالت اندونزی مرزهای قرن بیستم هند شرقی هلند را نشان میدهد.
بقایای فسیل شده انسان راستقامت و ابزارهای وی، که به عنوان " جاوا " شناخته میشود، نشان میدهد که مجمع الجزایر اندونزی حداقل ۱٫۵ میلیون سال پیش در آن سکونت وجود داشتهاست. تصور میشود مردمان آسترونزیایی، که اکثریت جمعیت مدرن را تشکیل میدهند، اصالتاً اهل تایوان بودهاند و در حدود سال ۲۰۰۰ پیش از میلادی به اندونزی رسیدهاند. قرن هفتم پس از میلاد، پادشاهی دریایی قدرتمند امپراتوری سریویجایا شکوفا شد و تأثیرات هندو و آیین بوداییرا با آن گرفت. پس از آن سلسلههای بودایی سیلندرا و پادشاهی مدانگ در جاوا شکوفا شدند. آخرین پادشاهی مهم غیرمسلمان، پادشاهی هندو ماجاپاهیت بود که، از اواخر قرن ۱۳ام به وجود آمد و تأثیر آن بر بیشتر اندونزی گسترش یافت. اولین شواهد از جمعیت اسلامی شده در اندونزی مربوط به قرن سیزدهم در شمال سوماترا است. سایر مناطق اندونزی به تدریج اسلام را پذیرفتند که تا پایان قرن شانزدهم دین اصلی در جاوه و سوماترا شد. در بیشتر موارد، اسلام با تأثیرات فرهنگی و مذهبی موجود همپوشانی و آمیختهاست.