Según se dice en las últimas exploraciones paleontológicas y arqueológicas, los homínidos ya existían en África hace por lo menos 5 millones de años. La anatomía de su cráneo era similar a la de sus parientes cercanos, los grandes simios africanos, pero habían adoptado una forma bípeda de locomoción, la cual les otorgaba una ventaja crucial, pues les permitía vivir tanto en áreas boscosas como en la sabana en una era en la que África se estaba volviendo árida, con las sabanas superponiéndose a los bosques y selvas.
Hace unos 3 millones de años varias especies de homínidos del género Australopithecus habían surgido a lo largo del sur, este y centro de África. El siguiente gran paso evolutivo ocurrió hace aproximadamente 2 millones de años con la llegada del Homo habilis, la cual se cree que fue la primera especie de homínido capaz de fabricar herramientas. Esto le permitió a H. habilis comenzar a comer carne. En la cacería, H. habilis no era capaz de competir con grandes depredadores, y seguía siendo más presa que cazador, aunque probablemente podía robar huevos de nidos y pudo haber sido capaz de capturar pequeños animales.
Hace 1,8 millones de años, Homo erectus apareció por primera vez en África, aunque de igual forma lo hizo casi simultáneamente en el Cáucaso (Europa Oriental). Algunos de los primeros representantes de esta especie seguían teniendo cerebros bastante pequeños y usaban primitivas herramientas de roca, de forma muy similar a H. habilis. Su cerebro más adelante creció y H. erectus terminó desarrollando una tecnología de herramientas más compleja, de tipo achelense. Posiblemente fueron los primeros grandes cazadores. Además, Homo erectus dominó el arte de producir fuego, y fue el primer homínido en salir de África, expandiéndose por todo el Viejo Mundo. También se ha sugerido que Homo georgicus, un descendiente de Homo habilis, pudo ser el primero homínido y el más primitivo en vivir fuera de África. No obstante, muchos científicos consideran al Homo georgicus como un miembro anterior y más primitivo de la especie Homo erectus.
El registro de fósiles muestra que Homo sapiens pudo haber vivido en el sur y este de África hace al menos 100.000 y posiblemente 150.000 años. Hace unos 40.000 años comenzó la colonización de nuestro planeta por los seres humanos modernos con su expansión hacia fuera de África. Su migración es indicada por evidencias lingüísticas, culturales y genéticas.
Al final de la Edad de Hielo (alrededor del 10.500 a. C.), el Sahara se había convertido de nuevo en un fértil valle, y su población africana regresó del interior del continente y de las montañas costeras en el África subsahariana. Sin embargo, el clima cada vez más seco y cálido hizo que para el año 5000 a. C. la región del Sahara se fuera volviendo cada vez más árida. La población se desplazó fuera de la zona dirigiéndose hacia el valle del Nilo, donde crearon asentamientos permanentes o semipermanentes. Una recesión climática mayor ocurrió, disminuyendo las fuertes y persistentes lluvias en África central y oriental; desde entonces las condiciones secas han prevalecido en el este de África.
